Das sogenannte Ökokonto ist ein Instrument "zur vorgezogenen Sicherung und Bereitstellung von Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen, mit denen zukünftige Beeinträchtigungen von Natur und Landschaft ausgeglichen werden können“.
Es ist ein Verzeichnis von Flächen, welche durch gezielte naturschutzfachliche Maßnahmen ökologisch aufgewertet wurden und als solche anerkannt wurden. Diese im Rahmen eines Ökokontos anerkannten Aufwertungsmaßnahmen werden im Vorgriff auf spätere ausgleichspflichtige Eingriffe in die Natur – etwa durch bspw. Straßenbau und sonstige Baumaßnahmen - vorgenommen. Bei einem späteren Bedarf werden sie nachträglich einem konkreten Eingriff zugeordnet und gelten für diesen dann als Kompensationsmaßnahme. Insoweit ist das Ökokonto auch als ein Vorrat von vorgezogenen Kompensationsmaßnahmen zu sehen.

Durch das Instrument des Ökokontos lässt sich die ökologische Wirksamkeit von Kompensationsmaßnahmen maßgeblich verbessern, da es hierdurch möglich ist, Kompensationsmaßnahmen zu bündeln, langfristig zu planen und sowohl hochwertiger und als auch flächendeckender umzusetzen.

Über die sogenannten Ökopunkte können ein vorgenommener Eingriff und eine bereits erfolgte Kompensationsmaßnahme miteinander verrechnet werden. Die Ökopunkte stellen hierbei die Werteinheit dar, mittels derer beides verrechnet wird. Die durchgeführten und anerkannten Aufwertungsmaßnahmen erhält der Grundstückseigentümer in Ökopunkte umgerechnet. Wandelt er bspw. 1 ha Ackerfläche in einen Laubwald um, erhält er dafür bspw. 10.000 Ökopunkte. Diese können von ihm frei mit dem Kompensationspflichtigen gehandelt werden.
Durch die Einnahmen aus dem Verkauf von Ökopunkten kann die Stiftung ihren Kapitalstock erhöhen. Der erhöhte Kapitalstock ermöglicht es der Stiftung wiederum sich in Zukunft noch intensiver im Sinne Ihres Stiftungszwecks einzusetzen.